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La actividad más científica del Comité se realiza a través de sus Comisiones de expertos entre las que destacan:
- Comisión de Fauna: Su último estudio se realiza en colaboración con el Ministerio de Medio Ambiente, el Atlas de Invertebrados en España.
Presidente: Eduardo Galante (Asociación Española de Entomología)
- Comisión de Flora: Publica el Boletín Vegetal como resultado de su trabajo y organiza periódicamente el Congreso de Conservación de Plantas, el tercero que se celebró en Canarias en 2007 y el próximo se celebrará en septiembre de 2009 en Almería.
Presidente: Jaime Güemes (Sociedad Española de Botánica y Conservación de Plantas)
- Comisión de Educación y Comunicación: Celebran anualmente seminarios de aprendizaje y reflexión. En 2007 el seminario estuvo dedicado a "Los instrumentos sociales y la supervivencia de especies", y fue financiado por la Xunta de Galicia a través del CEIDA. Los resultados se han publicado en la revista AmbientalMente Sustentable nº 4.
Presidenta: Susana Calvo (Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino)
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Comité Español 
